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Foire aux questions

  1. Quel type d'échantillons puis-je soumettre?
  2. Comment dois-je isoler mes ARNs?
  3. Quelle est la procédure lorsque la quantité ou la qualité des ARNc générés est insuffisante?
  4. Quelle quantité d'ARN est nécessaire pour un projet?
  5. Combien d'échantillons puis-je soumettre?
  6. Qu'est-ce que le RIN?
  7. Comment interpréter le profile de Bioanalyseur?
  8. Quels sont les délais?
  9. Comment vais-je accéder à mes données?
  10. Qui aura accès à mes données?
  11. Gardez-vous toutes les données?
  12. Que devrais-je faire une fois mes données téléchargées?
  13. Dans le cas d'une publication, devrais-je mentionner le Centre d'innovation?
  14. Quelle sont les différences entre les trois technologies employées?
  15. Est-il recommandé de comparer les données obtenues à des moments différents?
  16. Est-il recommandé de comparer les données obtenues par des technologies différentes?
  17. Le Centre d'innovation offre-t-il un service d'analyse de données?
  18. Est-il nécessaire d'avoir des réplicas d'échantillons dans un projet?
  19. Est-il nécessaire d'envoyer des échantillons d'ARN sur glace sèche?
  20. Est-il possible de récupérer le reste de mes échantillons?
  21. Pourquoi le nom de nos échantillons dans Nanuq est-il différent du nom que nous avons soumis?
  22. Quelles mesures sont incluses dans les tests de CQ?
Réponses
  1. Quel type d'échantillons puis-je soumettre?
  2. Seuls les ARNs totaux sont acceptés

  3. Comment dois-je isoler mes ARNs?
  4. Le Centre d'innovation recommande l'utilisation de trousses commerciales telles que Qiagen. Si votre méthode d'extraction utilise du Trizol, une purification sur colonne Qiagen est recommandée. Si cette purification ne peut être faite par le client, l'équipe du service d'expression du Centre peut la faire.

  5. Quelle est la procédure lorsque la quantité ou la qualité des ARNc générés est insuffisante?
  6. Un échantillon contrôle est toujours ajouté aux échantillons des clients. Si ce contrôle présente le même problème que vos échantillons, le protocole sera refait à nos frais. Par contre, si l'échantillon contrôle ne présente aucun problème, le client devra décider si :

    • Il veut continuer avec l'échantillon tel quel en sachant que ses données finales pourraient être de moindre qualité. S'il s'agit d'une quantité insuffisante d'ARNc, il est possible de normaliser tous les autres ARNc pour hybrider la même quantité sur les biopuces. Par contre, il nous sera impossible de garantir les résultats.
    • Il veut que le Centre d'innovation reprenne la préparation de l'ARNc pour cet échantillon. Si l'ARNc généré par la reprise est bon, nous allons assumer les coûts de la reprise. Or, si le problème persiste, l'utilisateur devra en assumer les coûts.
    • Il veut nous envoyer un échantillon de remplacement.
    • Il veut laisser tomber cet échantillon.
  7. Quelle quantité d'ARN est nécessaire pour un projet?
  8. La quantité d'ARN total de départ nécessaire varie pour chaque technologie:

    Agilent Affymetrix Illumina
    Quantité minimale Biopuces de 8 places: 25ng
    Biopuces de 4 places: 50ng
    Biopuces 3': 250ng
    Biopuces ST: 100ng
    250ng
    Volume minimum 1.5 µl 3 µl 11 µl

    Les tests de contrôle de la qualité nécessitent 3 µl d'ARN total qui ne sont pas inclus dans les volumes indiqués ci-haut. De plus, il est préférable de nous fournir assez de matériel pour effectuer le protocole deux fois en cas de problème technique.

  9. Combien d'échantillons puis-je soumettre?
  10. Le nombre d'échantillons soumis doit respecter le nombre de places sur les biopuces. Par exemple, seulement les multiples de 12 sont acceptés pour les biopuces Human HT-12 d'Illumina. Le nombre minimum d'échantillons accepté varie selon la technologie choisie:

    Agilent Affymetrix Illumina
    Nombre minimum d'échantillons 8 6 Human HT12 et Mouse WG-6 : 12
    Mouse Ref-8: 8
  11. Qu'est-ce que le RIN?
  12. RIN est l'abréviation de RNA Integrity Number. Le RIN est calculé par le logiciel du Bioanalyseur afin de déterminer l'intégrité des ARN et ADN. La valeur du RIN varie entre 1 et 10; un RIN de 10 étant le meilleur RIN possible. Nous ne recommandons pas d'utiliser des ARNs avec un RIN inférieur à 7.

  13. Comment interpréter le profile de Bioanalyseur?
  14. Le profile du Bioanalyseur présente les pics d'ARN ribosomaux de 18S et 28S. Le pic de 28S devrait être plus haut que le pic de 18S et l'aspect de la ligne de base est aussi important. La ligne de base devrait être le plus lisse possible et tout près de 0. Voici des exemples d'ARNs totaux de différentes qualités :

  15. Quels sont les délais?
  16. Les délais varient selon l'achalandage de la plateforme. À partir du moment où le Centre d'innovation a reçu tous les documents requis ainsi que les échantillons, les contrôles de qualité sont effectués dans les 5 jours ouvrables. Si tout se déroule bien, les résultats finaux sont accessibles au plus tard 10 jours ouvrables après la réception des biopuces.

  17. Comment vais-je accéder à mes données?
  18. Dans la majorité des cas, les résultats finaux sont accessibles via l'application Nanuq. Il faudra aller sur la page de votre projet et cliquer via "Requête de données expérimentales". Un courriel automatique vous sera envoyé lorsqu'il sera possible de consulter vos données. Il faudra alors cliquer sur "Collecte de données expérimentales", sélectionner les données désirées et les télécharger.

    Dans le cas où il ne serait pas possible de téléverser vos données dans Nanuq, vos résultats vous seront livrés par le biais d'un site ftp sécurisé.

  19. Qui aura accès à mes données?
  20. Seules les personnes dont les noms figurent sur le formulaire initial de demande de service ont accès aux données du projet dans l'application Nanuq.

  21. Gardez-vous toutes les données?
  22. Dans Nanuq, une fois la requête des données expérimentales faite, les résultats seront accessibles pendant 15 jours. Une fois cette période écoulée, il suffit de refaire une requête.

    Les résultats transmis par un site ftp sécurisé resteront accessibles pour 10 jours seulement.

  23. Que devrais-je faire une fois mes données téléchargées?
  24. Le Centre d'innovation vous propose certains logiciels d'analyse pour vos données d'expression.

    - MeV (Clustering, analyse différentielle une fois normalisé, etc.)
    - Bioconductor (Plus avancé)
    - Array Analysis
    - Microarray
    - GenomeStudio et le module "Gene Expression" (non gratuit)
    - GeneSpring (non gratuit)

  25. Dans le cas d'une publication, devrais-je mentionner le Centre d'innovation?
  26. Oui. Tout projet de recherche collaboratif ou service effectué au Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill doit en mentionner la contribution et en aviser le Centre d'innovation. La contribution du personnel des plateformes peut être soulignée comme co-auteur sur les articles, leur affiliation devra alors être clairement identifiée. Dans d'autres cas, la contribution du personnel des plateformes et du Centre d'innovation peut simplement être mentionnée dans la section des remerciements des publications. Dans le cas de communications orales (ex. PowerPoint), l'utilisation du nom de Génome Québec et/ou d'un logo est suffisante. Un tiré à part de chaque publication devrait être acheminé au Centre d'innovation par la suite.

  27. Quelle sont les différences entre les trois technologies employées?
  28. Agilent Affymetrix Illumina
    Espèces Plusieurs organismes
    Puces sur mesure
    Biopuces 3': plusieurs espèces
    Biopuces ST: humain, souris, rat et CHO
    Souris et humain
    Nombre d'échantillons Multiples de 4 ou de 8, dépendamment de la biopuce Minimum de 6 échantillons, aucune autre restriction Multiples de 6, 8 ou 12, dépendamment de la biopuce
    Quantité de matériel de départ Biopuces de 8 places: 25ng
    Biopuces de 4 places: 50ng
    Biopuces 3': 250ng
    Biopuces ST: 100ng
    250ng
    Longueur de sondes 60nt 25nt 50nt
    Nombre de copies de chaque sonde 1 sonde par gène Biopuces 3':
      - 11 copies
    BiopuceExon:
      - 4 copies par exon
      - 40par gène
    Biopuces Gene ST:
      - 26 copies
    Biopuces de 6 et 8 places:
      - 30 copies
    Biopuces de 12 places:
      - 15 copies
    Isomères ciblés Non Biopuces 3': Non
    Biopuces ST: Oui
    Oui
    Site de liaison 3' Biopuces 3': 3'
    Biopuces ST: différentes sites sur toute la longueur du gène
    3'
  29. Est-il recommandé de comparer les données obtenues à des moments différents?
  30. Il est relativement simple de comparer les données obtenues par la même technologie à des moments différents avec les logiciels d'analyse de données accessibles. Par contre, traiter des échantillons hybridés à des moments différents introduit des effets de lot qui diminuent la sensibilité et la précision de l'analyse, car le nombre de faux-négatifs augmente. En revanche, le nombre de faux-positifs diminue, ce qui augmente la spécificité de l'analyse.

  31. Est-il recommandé de comparer les données obtenues par des technologies différentes?
  32. Bien qu'il soit possible de le faire, ce n'est pas recommandé. Une telle comparaison nécessiterait l'établissement de correspondances entre les sondes utilisées par chacune des technologies. La longueur, la spécificité et la cartographie génétique des sondes varient considérablement d'une technologie à l'autre, ce qui réduirait la pertinence de l'analyse.

  33. Le Centre d'innovation offre-t-il un service d'analyse de données?
  34. Oui, le Centre d'innovation offre des services de bio-informatique qui sont en mesure de prendre en charge le traitement de vos données ou tout simplement de vous diriger vers un outil d'analyse approprié.

  35. Est-il nécessaire d'avoir des réplicas d'échantillons dans un projet?
  36. Dans un projet d'expression génique, on cherche à déterminer l'impact de différentes conditions sur l'expression de gènes. Ainsi, nous suggérons d'avoir au moins trois réplicas. Plus le nombre de réplicas est grand, plus l'analyse bio-informatique est représentative.

    Il existe deux types de réplicas d'échantillons : réplicas techniques et réplicas biologiques. Nous recommandons de soumettre des réplicas biologiques plutôt que techniques.

  37. Est-il nécessaire d'envoyer des échantillons d'ARN sur glace sèche?
  38. Oui. Si des échantillons d'ARN arrivent dégelés, il est fort probable qu'ils soient dégradés puisque l'ARN se dégrade facilement. Lorsque nous recevons des échantillons sans glace sèche, nous en informons les usagers. Il est alors préférable de nous envoyer des échantillons de remplacement. Une bioanalyse des échantillons reçus dégelés ne sera pas effectuée à moins que l'usager en fasse la demande.

  39. Est-il possible de récupérer le reste de mes échantillons?
  40. Non, nous ne renvoyons pas les restants d'échantillons. C'est pourquoi nous recommandons de faire des aliquots avant de nous faire parvenir vos échantillons. Dans le cas où un usager tient à récupérer ses échantillons, une entente entre le chercheur principal et le gestionnaire de la plateforme doit être conclue et des frais seront encourus.

  41. Pourquoi le nom de nos échantillons dans Nanuq est-il différent du nom que nous avons soumis?
  42. Le Centre d'innovation change le nom des échantillons pour s'assurer que chaque échantillon dans notre base de données (Nanuq) a un code unique.

  43. Quelles mesures sont incluses dans les tests de CQ?
  44. Tout d'abord, nous mesurons la concentration de chaque échantillon par spectrophotométrie (Nanodrop 1000). En plus de la concentration, nous obtenons aussi des ratios A260/A230 et A260/A280 qui nous permettent d'estimer la présence de contaminants qui pourraient interférer avec les réactions enzymatiques subséquentes.

    Finalement, nous vérifions l'intégrité des ARNs (RIN) en utilisant le Bioanalyseur d'Agilent.